name: Разработка сульфозамещенных ингибиторов транскетолазы и тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования
keyword_list: ингибитор сульфонаты докинг
abstract: Целью данной диссертационной работы является поиск сульфозамещенных ингибиторов двух ферментов: транскетолазы Mycobacterium tuberculosis (ТК) и тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека (ТДФ1). ТК является важной мишенью в терапии туберкулеза, а ТДФ1 – в противоопухолевой терапии. На данный момент для ТК не известно ни одного селективного ингибитора, а для ТДФ1 – ни одного ингибитора, достаточно эффективного и безопасного для клинического применения, что обуславливает актуальность исследования. В ходе работы были сконструированы молекулярные модели ТК и ТДФ1 на основе кристаллических структур. Путем биоинформатического анализа в активном центре ТК M. tuberculosis идентифицирован гидрофобный кластер Ile211-Leu402-Phe464, отсутствующий в ТК человека, что дает возможность разработки селективных ингибиторов. В активном центре ТДФ1 выявлены два обособленных участка, важных для связывания субстрата и ингибиторов: участок фосфотирозина и участок олигонуклеотида. Для отбора эффективных лигандов с учетом специфических взаимодействий в активных центрах ТК и ТДФ1 создана программа структурной фильтрации vsFilt. С помощью компьютерного скрининга и структурной фильтрации обнаружены первые селективные ингибиторы ТК M. tuberculosis, содержащие сульфогруппу в качестве структурного аналога пирофосфатной группы кофермента, а также новые ингибиторы ТДФ1 человека, содержащие сульфогруппу в качестве аналога фосфатной группы субстрата.
chairman_dissertation_council.name: Витаутас-Юозапас
chairman_dissertation_council.surname: Швядас
chairman_dissertation_council.patronymic: Каятоно
chairman_dissertation_council.position: профессор
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: J-6594-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7004619816
chairman_dissertation_council.rinc_id: 82145
chairman_dissertation_council.url: https://istina.msu.ru/profile/Svedas
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-1664-0307
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Владимир
organization_supervisor.surname: Скулачев
organization_supervisor.patronymic: Петрович
organization_supervisor.position: директор НИИ ФХБ МГУ
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.45.05
rubrics.name: Методы доклинического исследования и отбора лекарственных средств
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
rubrics.code: 34.15.15
rubrics.name: Пространственная структура и свойства биополимеров
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
oecds.code: 01.06.CQ
oecds.name: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
speciality_codes.name: Биоинженерия
speciality_codes.code: 03.01.08
supervisors.fio: Нилов Дмитрий Константинович
supervisors.scientific_degree: Кандидат химических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
supervisors.fio: Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно
supervisors.scientific_degree: Доктор химических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Ходырева Светлана Николаевна
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Биохимия
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Шайтан Константин Вольдемарович
opponents.scientific_degree: Доктор физико-математических наук
opponents.speciality_code: Биофизика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Щербинин Дмитрий Сергеевич
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МГУ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МОСКОВСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ МГУ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА"
protection_organization.ogrn: 1037700258694
protection_organization.supervisor_name: ВИКТОР
protection_organization.supervisor_surname: САДОВНИЧИЙ
protection_organization.supervisor_patronymic: АНТОНОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МГУ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МОСКОВСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ МГУ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА"
author_organization.ogrn: 1037700258694
author_organization.supervisor_name: ВИКТОР
author_organization.supervisor_surname: САДОВНИЧИЙ
author_organization.supervisor_patronymic: АНТОНОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения