name: Влияние химической обработки остатков цистеина в белках на результаты протеогеномного анализа
keyword_list: пробоподготовка алкилирование изотреонин гомосерин метионин протеогеномика протеомика
abstract: В работе показано, что преобразование метионина в изотреонин может затронуть до 3% пептидов, содержащих метионин. Этот эффект имеет большое значение для протеогеномики, поскольку такая модификация может имитировать замену метионина на треонин, закодированную в геноме. Преобразование метионина в изотреонин происходит чаще, если образец подвергается алкилированию йодсодержащими реагентами, а подготовка образца осуществляется в полиакриламидном геле. 
  Из четырех проанализированных алкилирующих агентов, а именно, йодацетамида, хлорацетамида, 4-винилпиридина и метилметантиосульфоната, хлорацетамид лучше других подходит для подготовки образцов к протеомному анализу, поскольку вызывает меньше побочных реакций и позволяет идентифицировать больше пептидов. 
  Результаты исследования показали, что пары пептидов, содержащих треонин и изотреонин, могут быть разделены с помощью обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии. Пептиды, содержащие треонин и изотреонин различаются по времени удержания на хроматографической колонке, а так же по спектрам фрагментации пептидов.
  В анализ были включены два, не проанализированных в сравнительных работах, алкилирующих агента, а именно 4-винилпиридин и метилметантиосульфонат. Впервые изучено преобразование метионина в изотреонин в процессе пробоподготовки. Исследована частота данного явления на нескольких наборах данных и выдвинуты предположения о его причинах. Проведен детальный анализ данных, в том числе методом «открытого» поиска, в ходе которого также впервые продемонстрированно наличие сдвига массы пептидов с метионином, свидетельствующее о его преобразовании в изотреонин.
  Результаты работы и сделанные выводы помогут исследователям грамотно подбирать методы пробоподготовки к протеомному анализу, учитывая задачу исследования и, тем самым, избегать ошибок в результатах. Автором проведены поиск и анализ литературы, планирование экспериментов, пробоподготовку к протеомному анализу и анализ данных, интерпретацию результатов и подготовку публикаций. 
  Диссертация выполнена в ФГБНУ «Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича». Научный руководитель – д.б.н., профессор РАН Мошковский Сергей Александрович. Официальные оппоненты – д.б.н., профессор, член-корреспондент РАН Гусев Николай Борисович, к.х.н., старший научный сотрудник Зиганшин Рустам Хусманович. Ведущая организация – ФГУ «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук. Основные публикации - Kuznetsova K.G. и др. Proteogenomics of Adenosine-to-Inosine RNA Editing in the Fruit Fly // Journal of Proteome Research. 2018. Vol. 17, №11. P. 3889–390; Kuznetsova K.G. и др. Threonine versus isothreonine in synthetic peptides analyzed by high-resolution liquid chromatography/tandem mass spectrometry // Rapid Communications in Mass Spectrometry. 2016. Vol. 13, № 23. P. 1323–1331
chairman_dissertation_council.name: Александр
chairman_dissertation_council.surname: Арчаков
chairman_dissertation_council.patronymic: Иванович
chairman_dissertation_council.position: Научный руководитель Института
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: B-5194-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 36049531500; 57202449291
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Елена
organization_supervisor.surname: Пономаренко
organization_supervisor.patronymic: Александровна
organization_supervisor.position: Врио директора
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.15.05
rubrics.name: Методы и аппаратура в молекулярной биологии
rubrics.code: 34.15.15
rubrics.name: Пространственная структура и свойства биополимеров
oecds.code: 01.06.CQ
oecds.name: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
oecds.code: 01.06.CO
oecds.name: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS
speciality_codes.name: Биохимия
speciality_codes.code: 03.01.04
supervisors.fio: Мошковский С.А.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Гусев Н.Б.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Биохимия
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Зиганшин Р.Х.
opponents.scientific_degree: Кандидат химических наук
opponents.speciality_code: Биоорганическая химия
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИБМХ
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
protection_organization.ogrn: 1027739053792
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИБМХ
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
author_organization.ogrn: 1027739053792
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения