name: Классификация и идентификация структурных мотивов РНК
keyword_list: вторичная структура третичный мотив псевдоузел спаривание оснований база данных машинное обучение мотив А-минор структура РНК
abstract: Предложена новая модель описания вторичной структуры РНК, учитывающая наличие псевдоузлов. С использованием предложенной модели реализована база данных URSDB, включающая топологическую классификацию псевдоузлов. URSDB была успешно применена для аннотации мотивов с интеркалированным основанием и across-bulged мотивов, содержащих А-минор взаимодействия. 
  Предложена новая классификация третичных мотивов РНК, обобщающая понятия локального мотива и мотива с дальнодействием. Выявлено соответствие между структурными классами мотивов типа А-минор и выполняемыми ими функциями. Показано, что отдельные локальные классы А-миноров могут быть достаточно точно предсказаны по данным о последовательности и вторичной структуре РНК.
  Показана перепредставленность третичных спариваний типа tHS в мотивах вида GNRA-tetraloop и перепредставленность спариваний типов cSS, tSS, cSW и tSW в структурных мотивах с дальнодействием. Установлено, что многообразие псевдоузловых структур обеспечивается энергетически неустойчивыми короткими участками двойной спирали, состоящими из 2-3 спариваний оснований.
chairman_dissertation_council.name: Василий
chairman_dissertation_council.surname: Лазарев
chairman_dissertation_council.patronymic: Николаевич
chairman_dissertation_council.position: 3аместитель заведующего кафедрой молекулярной и трансляционной медицины МФТИ
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Доцент
chairman_dissertation_council.wos_research_id: A-8313-2014
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 57205513439
chairman_dissertation_council.rinc_id: 90822
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0003-0042-966X
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Виталий
organization_supervisor.surname: Баган
organization_supervisor.patronymic: Анатольевич
organization_supervisor.position: Проректор по научной работе
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.15.15
rubrics.name: Пространственная структура и свойства биополимеров
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 03.01.09
supervisors.fio: Ройтберг М.А.
supervisors.scientific_degree: Доктор физико-математических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
supervisors.fio: Кулаковский И.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
protection_organization.short_name: МФТИ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ)"
protection_organization.ogrn: 1027739386135
protection_organization.supervisor_name: НИКОЛАЙ
protection_organization.supervisor_surname: КУДРЯВЦЕВ
protection_organization.supervisor_patronymic: НИКОЛАЕВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения
author_organization.name: ИНСТИТУТ МАТЕМАТИЧЕСКИХ ПРОБЛЕМ БИОЛОГИИ РАН - ФИЛИАЛ ФЕДЕРАЛЬНОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УЧРЕЖДЕНИЯ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ ИМ. М.В. КЕЛДЫША РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
author_organization.ogrn: 1037739115787
author_organization.supervisor_name: АЛЕКСАНДР
author_organization.supervisor_surname: АПТЕКАРЕВ
author_organization.supervisor_patronymic: ИВАНОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Учреждения академий наук