name: Развитие физико-химических подходов для рационального дизайна новых производных нуклеиновых кислот
keyword_list: Молекулярная динамика термодинамика аналоги нуклеиновых кислот гибридизация
abstract: Диссертационная работа посвящена исследованию физико-химических свойств комплексов новых производных и аналогов нуклеиновых кислот с комплементарными ДНК и РНК и развитию физико-химических подходов для их рационального дизайна. 
  В качестве модельных объектов были выбраны положительно заряженные и незаряженные производные олигонуклеотидов: глицин-морфолиновые (gM) и фосфорилгуанидиновые олигонуклеотиды (ФГО) и их комплексы с ДНК и РНК. Производные gM и ФГО были разработаны ранее в ИХБФМ СО РАН и являются перспективными для дизайна модифицированных олигонуклеотидов.
  Создан подход для изучения физико-химических свойств коротких низкостабильных комплексов нуклеиновых кислот и их производных. С его помощью охарактеризованы комплексы пентааденилатов глицин-морфолина с ДНК и РНК. Впервые проведено детальное исследование физико-химических свойств нового класса незаряженных производных нуклеиновых кислот – фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов (ФГО) при помощи экспериментальных методов и методов компьютерного моделирования. Показана возможность достоверного определения концентрации ФГО при помощи метода УФ-спектроскопии. Определено влияние ФГ-модификаций на структуру дуплексов. Разработана предсказательная модель для расчета термодинамических параметров комплексообразования для ФГО/ДНК дуплексов при различных ионных силах раствора. С использованием представительного набора РНК/ДНК и РНК/РНК дуплексов впервые продемонстрирована принципиальная возможность достоверного расчета термодинамических параметров их формирования с использованием методов молекулярно-динамического моделирования и анализа МД-траекторий методом MMGBSA.
chairman_dissertation_council.name: Андрей
chairman_dissertation_council.surname: Онищук
chairman_dissertation_council.patronymic: Александрович
chairman_dissertation_council.position: директор
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Доцент
chairman_dissertation_council.wos_research_id: -
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 6603798288
chairman_dissertation_council.rinc_id: -
chairman_dissertation_council.orcid: -
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Андрей
organization_supervisor.surname: Онищук
organization_supervisor.patronymic: Александрович
organization_supervisor.position: директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.17.15
rubrics.name: Молекулярная биофизика
rubrics.code: 29.03.77
rubrics.name: Моделирование физических явлений
rubrics.code: 29.29.41
rubrics.name: Взаимодействие атомов и молекул со средой
oecds.code: 01.03.UH
oecds.name: PHYSICS, ATOMIC, MOLECULAR & CHEMICAL
speciality_codes.name: Химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества
speciality_codes.code: 01.04.17
supervisors.fio: Ломзов А.А.
supervisors.scientific_degree: Кандидат физико-математических наук
supervisors.speciality_code: Химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Головин А.В.
opponents.scientific_degree: Доктор химических наук
opponents.speciality_code: Биоорганическая химия
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Шернюков А.В.
opponents.scientific_degree: Кандидат химических наук
opponents.speciality_code: Органическая химия
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИХКГ СО РАН
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ИНСТИТУТ ХИМИЧЕСКОЙ КИНЕТИКИ И ГОРЕНИЯ ИМ. В.В. ВОЕВОДСКОГО СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
protection_organization.ogrn: 1025403648445
protection_organization.supervisor_name: АНДРЕЙ
protection_organization.supervisor_surname: ОНИЩУК
protection_organization.supervisor_patronymic: АЛЕКСАНДРОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИХБФМ СО РАН
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ИНСТИТУТ ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И ФУНДАМЕНТАЛЬНОЙ МЕДИЦИНЫ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
author_organization.ogrn: 1025403659852
author_organization.supervisor_name: ДМИТРИЙ
author_organization.supervisor_surname: ПЫШНЫЙ
author_organization.supervisor_patronymic: ВЛАДИМИРОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения