name: Молекулярно-генетический и биоинформационный скрининг вирулентных бактериофагов Staphylococcus aureus на основе анализа CRISPR/Cas-системы бактерии
keyword_list: спейсер CRISPR Staphylococcus aureus бактериофаг
abstract: Объекты исследования. 398 последовательностей ДНК S. aureus из базы данных NCBI. 106 штаммов S. aureus, выделенных на базе лаборатории НИИ БМТ ИГМУ.
  Цель работы. Разработка алгоритма отбора вирулентных бактериофагов Staphylococcus aureus на основе молекулярно-генетических и биоинформационных технологий анализа CRISPR-системы бактерии в качестве платформы для персонифицированной фаготерапии.
  Методы исследования и аппаратура. Микробиологические, молекулярно-генетические и биоинформационные. 
  Научная новизна. Установлена гетерогенность строения CRISPR-системы у S. аureus. Обнаружены разные гены cas. Плазмиды служат дополнительным источником генов и кассет. Обнаружили гены cas и выделили 45 CRISPR-кассет с последующим их секвенированием и оценкой устойчивости штаммов к препаратам бактериофагов. Биоинформационный алгоритм продемонстрировал устройство CRISPR и возможность применения для изучения систем в других бактериях.
  Теоретические и практические результаты. Материал является основой для совершенствования программных алгоритмов, выявления генов cas и кассет. Разработаны специфичные праймеры для детекции cas-генов и выделения СRISPR-кассет. Биоинформационные методы поиска и анализа локусов СRISPR в геномных последовательностях из баз данных и полученных ДНК клинического материала применимы в компьютерных методах исследования, обработки информации, статистическом анализе.
  Степень и эффективность внедрения. Последовательности депонированы в банк данных NCBI: MT542988.1; MT542987.1; MT542986.1; MT542985.1; MT542984.1. Запатентована база данных «Спейсерные последовательности СRISPR-Сas систем штаммов Staphylococcus aureus» свидетельство № 2021621294 от 18.06.2021.
  Область применения. Микробиология, биоинформатика.
chairman_dissertation_council.name: Ирина
chairman_dissertation_council.surname: Ившина
chairman_dissertation_council.patronymic: Борисовна
chairman_dissertation_council.position: Заведующий лабораторией
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: B-1333-2014
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 6701606381
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Александр
organization_supervisor.surname: Барях
organization_supervisor.patronymic: Абрамович
organization_supervisor.position: Директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 76.03.43
rubrics.name: Медицинская микробиология
oecds.code: 01.06.QU
oecds.name: MICROBIOLOGY
speciality_codes.name: Микробиология
speciality_codes.code: 03.02.03
supervisors.fio: Злобин В.И.
supervisors.scientific_degree: Доктор медицинских наук
supervisors.speciality_code: Вирусология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Несчисляев В.А.
opponents.scientific_degree: Доктор медицинских наук
opponents.speciality_code: Микробиология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Поспелова С.В.
opponents.scientific_degree: Кандидат медицинских наук
opponents.speciality_code: Микробиология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ПФИЦ УРО РАН
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ПЕРМСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР УРАЛЬСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
protection_organization.ogrn: 1025900517378
protection_organization.supervisor_name: АЛЕКСАНДР
protection_organization.supervisor_surname: БАРЯХ
protection_organization.supervisor_patronymic: АБРАМОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ФГБОУ ВО ИГМУ Минздрава России
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Иркутский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации
author_organization.ogrn: 1023801539673
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство здравоохранения Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения