name: Разработка и приложение алгоритмов молекулярной динамики и спиновой динамики в исследованиях полипептидных цепей: от неупорядоченных пептидов к кристаллическим белкам
keyword_list: белковые кристаллы нативно разупорядоченные белки спиновые метки пептиды белки кристаллография ЭПР ЯМР спиновая динамика Молекулярная динамика
abstract: Актуальность темы исследования. 
  Детальное изучение поведения белковых молекул и их взаимодействий является одной из ключевых задач современной биологии и медицины. Для его исследования необходимо совершенствовать методы моделирования, включая исследования новых систем и разработку методов расчета новых наблюдаемых величин. В работе проведено исследование сложных для моделирования систем: разупорядоченного пептида и кристаллических белков. 
  Научная новизна. В представленной диссертации представлен метод для оценки вклада различных мод движения в ЯМР релаксацию для разупорядоченных белков. Разработан протокол образования дисульфидных связей в молекулярной динамике и опробован на пептиде гуанилин. Разработаны две программы для моделирования спектров ЭПР из данных траекторий молекулярной динамики: метод прямой пропагации и метод на основе теории Редфилда, показано хорошее согласие с экспериментом. Для двух форм кристаллических белков обнаружена причины различия заселенностей конформаций и  амплитуд колебания белка в кристалле.
chairman_dissertation_council.name: Денис
chairman_dissertation_council.surname: Маркелов
chairman_dissertation_council.patronymic: Анатольевич
chairman_dissertation_council.position: Проф. каф. ядерно-физических методов исследования
chairman_dissertation_council.degree: Доктор физико-математических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: I-1315-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 6507500531
chairman_dissertation_council.rinc_id: 131966
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Александр
organization_supervisor.surname: Гнетов
organization_supervisor.patronymic: Валентинович
organization_supervisor.position: Ученый секретарь СПбГУ
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.17.15
rubrics.name: Молекулярная биофизика
rubrics.code: 28.17.19
rubrics.name: Математическое моделирование
rubrics.code: 28.17.23
rubrics.name: Моделирование физических процессов
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ
speciality_codes.code: 05.13.18
supervisors.fio: Скрынников Н.Р.
supervisors.scientific_degree: Кандидат физико-математических наук
supervisors.speciality_code: Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
protection_organization.short_name: Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербургский университет, СПбГУ
protection_organization.name: федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет"
protection_organization.ogrn: 1037800006089
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербургский университет, СПбГУ
author_organization.name: федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет"
author_organization.ogrn: 1037800006089
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения