name: Изучение роли ремоделера хроматина Brahma в энхансер-зависимой активации генов
keyword_list: D. melanogaster 3С-анализ Промотор Энхансер Ремоделер хроматина
abstract: Впервые продемонстрирована функциональная значимость комплекса ремоделирования хроматина Brahma для формирования дальних контактов между энхансерами и промоторами у дрозофилы. Получена генетическая бинарная система, позволяющая изучать роль различных субъединиц комплекса Brahma в регуляции транскрипции на промоторе, а также в формировании дальних контактов между регуляторными участками генов. Получена панель линий с захватом энхансера («enhancer trap») с активацией экспрессии репортерного гена в различных органах и тканях дрозофилы. Установлено, что активация репортера зависит от привлечения к его промотору сигнатурных субъединиц комплекса Brahma SAYP и BAP170. Для нескольких геномных локусов показано, что привлечение SAYP и BAP170 к промотору репортерного гена специфически опосредует захват энхансера эндогенов на промотор репортерного гена, а не на конкурирующие промоторы, находящиеся в составе того же трансгена. В трансгенах показано, что привлечение SAYP и BAP170 на промотор способствуют поддержанию энхансер-зависимой транскрипции при отдалении энхансера от промотора репортера. Для установления наличия контактов между энхансерами и промоторами на культуре S2 клеток был поставлен метод 3С (захват конформации хромосомы). Получены новые данные, расширяющие представления о функционировании базовых шагов процедуры 3С. Метод был адаптирован для личинок дрозофилы. С использованием 3С определено, что модельный локус Dad находится в личинках дикого типа в активной конформации, когда его энхансер приближен к промотору, и это сопровождается усилением транскрипции Dad в личинках, по сравнению с клетками S2, где Dad находится в неактивной конформации. Впервые представлены данные о том, что в генетический фон в личинках-мутантах может негативно влиять на эффективность процедуры 3С, в частности на количество ДНК получаемых библиотек 3С (совокупность взаимодействующих фрагментов ДНК генома) и эффективность эндонуклеазного расщепления хроматина. Показано, что генетический фон, препятствующий эффективному эндонуклеазному расщеплению хроматина, может быть заменен на пермиссивный генетический фон путем мейотического кроссинговера хромосомы, несущей репортер, с хромосомой дикого типа. При помощи рекомбинации получены новые контрольные линии мух, в которых репортер выведен на пермиссивный генетический фон. С использованием новых контрольных линий выяснено, что привлечение на промотор репортера SAYP и BAP170 вызывает сближение энхансера Dad с промотором репортера в личинках-мутантах. Такое сближение сопровождается усилением транскрипции репортера, причем более сильная экспрессия SAYP/BAP170 обеспечивает большее сближение энхансера Dad с промотором репортера и большее усиление транскрипции. Получены высокоаффинные поликлональные антитела к каталитической субъединице Brahma. При помощи иммунопреципитации хроматина установлено, что привлечение SAYP и BAP170 к промотору репортера способствует рекрутированию каталитической субъединицы, а также остальных компонентов комплекса Brahma на промотор репортера и энхансер Dad. Установлено, что при привлечении SAYP и BAP170 к промотору репортера и активации транскрипции, каталитическая субъединица Brahma увеличивает свое присутствие на промоторе репортера и достоверно снижает свое присутствие на энхансере Dad.
chairman_dissertation_council.name: Сергей
chairman_dissertation_council.surname: Кочетков
chairman_dissertation_council.patronymic: Николаевич
chairman_dissertation_council.position: главный научный сотрудник
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: O-1065-2013
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7006711268
chairman_dissertation_council.rinc_id: 820
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-7443-6961
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: София
organization_supervisor.surname: Георгиева
organization_supervisor.patronymic: Георгиевна
organization_supervisor.position: директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.15.25
rubrics.name: Молекулярная биология гена
oecds.code: 01.06.CQ
oecds.name: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
speciality_codes.name: Молекулярная биология
speciality_codes.code: 1.5.3.
supervisors.fio: Шидловский Ю.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Молекулярная биология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Рубцов Ю.П.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Молекулярная биология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Фуников С.Ю.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Молекулярная биология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИМБ РАН
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
protection_organization.ogrn: 1037736018066
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИБГ РАН
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии гена Российской академии наук
author_organization.ogrn: 1027739618037
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Учреждения