name: Разработка технологии для идентификации вирусных агентов с использованием ДНК-метабаркодинга и высокопроизводительного секвенирования
keyword_list: вирусы метабаркодинг высокопроизводительное секвенирование NGS
abstract: В рамках данной работы был разработан новый метод выбора пар праймеров, ключевое отличие которого заключается в отсутствии предварительных построений множественных выравниваний референсных геномов, а также в использовании матричного способа заполнения и хранения данных о выравниваниях олигонуклеотидов на референсные последовательности. Такой формат позволяет обнаруживать пары праймеров с использованием высокоэффективных параллельных вычислений, осуществляющих математические операции над матрицами и тензорами. Разработанный метод дизайна структур библиотек олигонуклеотидов описан впервые. С использованием разработанной методики было проведено исследование вирома мигрирующих птиц околоводного комплекса, в ходе которого были выявлены часто встречающиеся и релевантные группы вирусных патогенов. С использованием разработанной методики был выявлен неизвестный ранее представитель рода Atadenovirus.
  В настоящей работе был разработан подход для выявления нуклеиновых кислот вирусных патогенов, в том числе применимый для расшифровки вирусных инфекционных заболеваний неясной этиологии. Преимущество используемых подходов, по сравнению с рутинно применяющимися в лабораторной диагностике методами, в том, что они лишены необходимости предварительной гипотезы о наличии конкретных таксономических групп вирусов в исследуемом образце и обеспечивают охват широкого спектра патогенов в рамках одного исследования. Разработанная методика, кроме того, менее чувствительна к изменениям в последовательностях геномов патогенов по сравнению со стандартными тест-системами на основе ПЦР. Разработанный подход универсален и может быть применен для различных групп вирусных патогенов. Применение результатов данной разработки в практике лабораторной диагностики направлено на повышение эффективности идентификации возбудителей вирусных инфекций с целью дифференциальной диагностики вирусных инфекций и своевременного назначения или коррекции схемы терапии. Разрабатываемая методика может быть применена как для установления этиологического фактора заболевания в случаях неэффективности стандартных методик, так и для проведения широких скрининговых исследований.
chairman_dissertation_council.name: Василий
chairman_dissertation_council.surname: Лазарев
chairman_dissertation_council.patronymic: Николаевич
chairman_dissertation_council.position: 3аместитель заведующего кафедрой молекулярной и трансляционной медицины МФТИ
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Доцент
chairman_dissertation_council.wos_research_id: A-8313-2014
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 57205513439
chairman_dissertation_council.rinc_id: 90822
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0003-0042-966X
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Виталий
organization_supervisor.surname: Баган
organization_supervisor.patronymic: Анатольевич
organization_supervisor.position: Проректор по научной работе
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
rubrics.code: 34.25.39
rubrics.name: Вопросы экологии и эпидемиология вирусов
rubrics.code: 34.05.17
rubrics.name: Методы биологических исследований
rubrics.code: 34.15.65
rubrics.name: Молекулярная патология. Молекулярная диагностика
oecds.code: 03.03.NN
oecds.name: INFECTIOUS DISEASES
oecds.code: 01.02.EX
oecds.name: COMPUTER SCIENCE, THEORY & METHODS
oecds.code: 01.07.RO
oecds.name: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
oecds.code: 01.06.CU
oecds.name: BIOLOGY
oecds.code: 01.06.ZE
oecds.name: VIROLOGY
speciality_codes.name: Молекулярная биология
speciality_codes.code: 03.01.03
supervisors.fio: Хафизов К.Ф.
supervisors.scientific_degree: Кандидат биологических наук
supervisors.speciality_code: Молекулярная биология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
protection_organization.short_name: МФТИ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ)"
protection_organization.ogrn: 1027739386135
protection_organization.supervisor_name: НИКОЛАЙ
protection_organization.supervisor_surname: КУДРЯВЦЕВ
protection_organization.supervisor_patronymic: НИКОЛАЕВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения
author_organization.short_name: ФГБУ "ЦСП" ФМБА РОССИИ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ЦЕНТР СТРАТЕГИЧЕСКОГО ПЛАНИРОВАНИЯ И УПРАВЛЕНИЯ МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИМИ РИСКАМИ ЗДОРОВЬЮ" ФЕДЕРАЛЬНОГО МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКОГО АГЕНТСТВА
author_organization.ogrn: 1027700168495
author_organization.supervisor_name: СЕРГЕЙ
author_organization.supervisor_surname: ЮДИН
author_organization.supervisor_patronymic: МИХАЙЛОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Федеральное медико-биологическое агентство
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения