name: Вычислительные методы для аннотирования данных тандемной масс-спектрометрии
keyword_list: масс-спектрометрия вычислительные методы аннотирование данных
abstract: Объект исследования: Разработка статистических методов и вычислительных программ для аннотирования  данных дандемной масс спектрометрии с высокой степенью достоверности.
  Цель работы: Разработка точных вычислительных и статистических данных для работы в области масс-спектрометрии, чтобы делать верные выводы о своих экспериментах и принимать правильные решения для будущих экспериментов или клинических методов лечения, например, при выборе правильной лекарственной терапии. Важно разработать надежные и точные методы аннотирования и идентификации спектров с высокой степенью достоверности для данных, полученных с помощью различных типов спектрометров с использованием различных экспериментальных протоколов и методов подготовки образцов.
  Методы исследования, кроме используемых приборов и аппаратуры: Методы теории вероятностей; методы математического анализа; статистические методы.
  Достигнутые результаты: 
  1. Разработаны скоринговые методы  с улучшенной различающей способностью на основе технологий глубокого обучения.
  2. Точно указано, что методы глубокого обучения могут приобретать так называемую машинную предвзятость, которая, в свою очередь, может привести к серьезной предвзятости в оценке ошибок. 
  3. Разработаны статистические протоколы и методы калибровки баллов с целью максимального увеличения количества аннотаций спектра с высокой степенью достоверности,
  4. Разработаны алгоритмы интеллектуального анализа данных для интеллектуального анализа спектральных данных для поиска модификаций в данных спектрометрии, таких как посттрансляционная или химическая модификация (PTMs), аминокислотные мутации и т.д. 
  5. Разработаны вычислительные методы для удаления шума из данных масс-спектрометрии с целью обеспечения более надежной и точной аннотации спектра.
  Новизна: Методы  основаны на новых вычислительных и математических методологиях, они обеспечивают самую современную производительность в количестве и качестве аннотаций спектра.
  Внедрение: В диссертации представлены теоретические результаты, а также практические результаты и методы. Примененные методы были реализованы, а исходный код доступен на платформе GitHub и т.д. Практические методы включены в инструментарий анализа спектрометрических данных с открытым исходным кодом, они доступны в открытом доступе.
  Эффективность: На основе проведенного анализа разработаны алгоритмы, эффективность которых продемонстрирована в экспериментах на ряде наборов данных.
  Область применения: Масс-спектрометрия - это метод идентификации молекул de facto в смеси образцов в нескольких сферах, включая молекулярную биологию, судебную экспертизу, фармацевтическую промышленность, медицину и т.д. Например, при анализе загрязнения окружающей среды масс-спектрометрия может быть использована для проверки продуктов питания и напитков на предмет загрязнения или подмешивания. Анализ почвы может быть проведен с помощью масс-спектрометров для оценки количества пестицидов или гормонов, используемых при выращивании. В криминалистическом анализе масс-спектрометрия может быть использована для подтверждения злоупотребления наркотиками или идентификации остатков взрывчатых веществ или ускорителей возгорания для определения поджога. В фармацевтическом анализе определение структур лекарственных средств и метаболитов, а также скрининг метаболитов в биологических системах являются основными видами применения масс-спектрометрического анализа. В клинических исследованиях и разработке лекарственных препаратов масс-спектрометр используется при скрининге заболеваний, мониторинге лекарственной терапии для контроля белкового состава исследуемых клеток и идентификации инфекционных агентов для целенаправленной терапии. Точная идентификация данных и аннотирование спектра имеют важное значение для экспериментаторов и практиков, работающих в сферах, упомянутых выше.
chairman_dissertation_council.name: Николай
chairman_dissertation_council.surname: Верещагин
chairman_dissertation_council.patronymic: Константинович
chairman_dissertation_council.position: Профессор
chairman_dissertation_council.degree: Доктор физико-математических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: L-9806-2016
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7005187259
chairman_dissertation_council.rinc_id: 54
chairman_dissertation_council.url: https://www.hse.ru/staff/vereshchagin
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-7386-979X
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Вадим
organization_supervisor.surname: Радаев
organization_supervisor.patronymic: Валерьевич
organization_supervisor.position: Первый проректор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 27.43.51
rubrics.name: Применение теоретико-вероятностных и статистических методов
oecds.code: 01.02.EX
oecds.name: COMPUTER SCIENCE, THEORY & METHODS
speciality_codes.name: Теоретические основы информатики
speciality_codes.code: 05.13.17
protection_organization.short_name: НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", НИУ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ, НИУ ВШЭ, ВШЭ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ"
protection_organization.ogrn: 1027739630401
protection_organization.supervisor_name: НИКИТА
protection_organization.supervisor_surname: АНИСИМОВ
protection_organization.supervisor_patronymic: ЮРЬЕВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения
author_organization.short_name: НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", НИУ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ", ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ, НИУ ВШЭ, ВШЭ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ"
author_organization.ogrn: 1027739630401
author_organization.supervisor_name: НИКИТА
author_organization.supervisor_surname: АНИСИМОВ
author_organization.supervisor_patronymic: ЮРЬЕВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения