name: Роль структурных особенностей каталитического действия силикатеина-α в процессе биосилификации по данным компьютерного моделирования
keyword_list: силикатеин-α компьютерное моделирование биосилификация кремниевые кислоты
abstract: В работе различными вычислительными методами (ab initio, молекулярная динамика и молекулярный докинг) изучается олигомерное разнообразие низших кремниевых кислот и рассматриваются начальные этапы активации кремниевых кислот при участии фермента силикатеина-α. На основе проведенных расчетов предположительными конфигурациями активного центра силикатеина-α является частично протонированная форма имидазольного кольца His163 по πN. По результатам моделирования реакций олигомеризации кремниевых кислот при нейтральном значении pH в водном растворе доминируют линейные и разветвленные формы. Кремниевые кислоты с числом атомов кремния от 1 до 4, по результатам молекулярного докинга, связываются с областью вблизи активного центра фермента. Полученные результаты дают представление о разнообразии природных субстратов для силикатеина-α, на основании расчетных данных предлагаются конфигурации активного центра силикатеина-α, приводящие к активации кремниевых кислот, а также потенциальные области адгезии силикатов на поверхности силикатеина-α.
chairman_dissertation_council.name: Александр
chairman_dissertation_council.surname: Гречкин
chairman_dissertation_council.patronymic: Николаевич
chairman_dissertation_council.position: руководитель отдела клеточной сигнализации
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: K-2098-2018
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7003956062
chairman_dissertation_council.rinc_id: 79160
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-1276-8792
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Алексей
organization_supervisor.surname: Калачев
organization_supervisor.patronymic: Алексеевич
organization_supervisor.position: директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
rubrics.code: 34.17.03
rubrics.name: Теоретическая и математическая биофизика
oecds.code: 01.06.DA
oecds.name: BIOPHYSICS
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Биофизика
speciality_codes.code: 03.01.02
supervisors.fio: Акберова Н.И.
supervisors.scientific_degree: Кандидат биологических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Григорьев Ф. В.
opponents.scientific_degree: Доктор физико-математических наук
opponents.speciality_code: Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Холявка М.Г.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Биофизика
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ФИЦ КАЗНЦ РАН
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР "КАЗАНСКИЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
protection_organization.ogrn: 1021602842359
protection_organization.supervisor_name: АЛЕКСЕЙ
protection_organization.supervisor_surname: КАЛАЧЕВ
protection_organization.supervisor_patronymic: АЛЕКСЕЕВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ФГАОУ ВО "КАЗАНСКИЙ (ПРИВОЛЖСКИЙ) ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ", ФГАОУ ВО КФУ, КФУ, КАЗАНСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, КАЗАНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ, КАЗАНСКИЙ (ПРИВОЛЖСКИЙ) ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "КАЗАНСКИЙ (ПРИВОЛЖСКИЙ) ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
author_organization.ogrn: 1021602841391
author_organization.supervisor_name: ИЛЬШАТ
author_organization.supervisor_surname: ГАФУРОВ
author_organization.supervisor_patronymic: РАФКАТОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения