name: Биоинформатический анализ изменчивости генного состава
  прокариот, в том числе в ассоциации с патогенностью
keyword_list: эволюция прокариот горизонтальный перенос генов сравнительная геномика
abstract: В работе представлен метод численной оценки уровня изменчивости генного состава различных локусов геномов прокариот, основанный на графовом представлении геномных последовательностей. Предложенный способ позволяет оценивать профиль изменчивости и находить высоко- и низко-изменчивые области геномов.Были выявлены области повышенной изменчивости, лишенные признаков мобильных элементов генома.Показано, что области повышенной изменчивости могут сохранять свое расположение у представителей близкородственных видов и представителей различных клад филогенетического дерева внутри вида. Также, в работе описана реализация способа визуализации контекста генов в виде графа.Предложенные методы позволяют проводить сравнение сотен геномных последовательностей прокариот. В работе описано их применение для анализа кишечных палочек, которые чаще встречаются у пациентов с болезнью Крона, чем у здоровых людей.
chairman_dissertation_council.name: Михаил
chairman_dissertation_council.surname: Гельфанд
chairman_dissertation_council.patronymic: Сергеевич
chairman_dissertation_council.position: зав. лабораторией
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: F-3425-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7201803297
chairman_dissertation_council.rinc_id: 108178
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0003-4181-0846
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Андрей
organization_supervisor.surname: Соболевский
organization_supervisor.patronymic: Николаевич
organization_supervisor.position: и.о. директора
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
rubrics.code: 34.15.29
rubrics.name: Молекулярная эволюция
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
oecds.code: 01.06.HT
oecds.name: EVOLUTIONARY BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 1.5.8.
supervisors.fio: Ильина Е.Н.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Марданов А.В.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Молекулярная биология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Андронов Е. Е.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Микробиология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИППИ РАН
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук
protection_organization.ogrn: 1037700064940
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА РОССИИ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНО-КЛИНИЧЕСКИЙ ЦЕНТР ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЫ ФЕДЕРАЛЬНОГО МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКОГО АГЕНТСТВА"
author_organization.ogrn: 1027739756428
author_organization.supervisor_name: МАРИЯ
author_organization.supervisor_surname: ЛАГАРЬКОВА
author_organization.supervisor_patronymic: АНДРЕЕВНА
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Федеральное медико-биологическое агентство
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения