name: Новые функции рибосомных белков eS1, uS19 и eL29 человека, выявленные с помощью методов, основанных на высокопроизводительном секвенировании РНК
keyword_list: Рибосомные белки, секвенирование РНК, новые функции
abstract: Рибосомные белки являются неотъемлемой частью рибосом, в составе которых они выполняют структурную функцию, участвуют в формировании их функциональных центров и взаимодействуют с их лигандами. Субчастицы рибосом эукариот в дополнение к белкам, консервативным у всех доменов жизни, включают большой набор эукариот/архей-специфичных белков, которые зачастую содержат протяжённые районы, специфичные для эукариот и архей. Несмотря на то, что структурные мотивы белков, вовлекаемые в формирование функциональных центров рибосом млекопитающих, хорошо известны, их роль в трансляции у большинства рибосомных белков до конца не выяснена. К настоящему времени накоплено большое количество данных о том, что рибосомные белки вовлекаются в различные клеточные процессы, в том числе те, что ассоциированы с канцерогенезом, где они выполняют так называемые внерибосомные функции. Будучи способными к связыванию с РНК, рибосомные белки оказываются причастными к регуляции разных уровней экспрессии генов, включая транскрипцию, процессинг пре-мРНК и трансляцию. Однако большинство рибосомных белков в этом плане остались практически не изученными.Целью настоящей работы являлось выявление функций рибосомных белков eS1 и uS19 человека, опосредованных их взаимодействиями с РНК вне трансляционной машины и в качестве её компонента, с помощью метода PAR-CLIP и роли рибосомного белка eL29 человека в регуляции экспрессии генов на уровне транскриптома с помощью метода РНК-сек.В данном исследовании выявлены новые неканонические функции рибосомных белков eS1 и eL29 человека в сплайсинге минорного типа и регуляции экспрессии генов соответственно и определены регионы мРНК, взаимодействующие с uS19 – ключевым компонентом рибосомного декодирующего центра в процессе элонгации трансляции. В частности, с помощью метода PAR-CLIP идентифицированы РНК, кодируемые генами RNU11 и RNU5A-1, как клеточные партнёры eS1. Установлено, что в клетках eS1 ассоциирован с U11 пре-мяРНК в ядре и цитоплазме и со зрелой U11 мяРНК в составе U11/U12 мяРНП в ядре. Установлено, что неструктурированный лизин-богатый Nконцевой участок 9–29 eS1 взаимодействует с Sm-сайтом U11 пре-мяРНК и с апикальной петлей I U5 мяРНК. С помощью РНК-сек продемонстрировано, что дефицит eS1 в клетках приводит к увеличению доли незрелой U11 премяРНК и снижению эффективности вырезания минорных интронов из премРНК, что указывает на вовлечение этого белка в биогенез U11 мяРНК и работу малой сплайсосомы.
chairman_dissertation_council.surname: Пышный Д. В.
chairman_dissertation_council.position: Директор
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
organization_supervisor.surname: Пышный Д. В.
organization_supervisor.position: Директор
organization_supervisor.degree: Доктор химических наук
rubrics.code: 31.27.15
rubrics.name: Структура и функции биополимеров
rubrics.code: 34.15.15
rubrics.name: Пространственная структура и свойства биополимеров
rubrics.code: 34.15.17
rubrics.name: Макромолекулярные ассоциации и проблемы узнавания в молекулярной биологии
oecds.code: 01.06.CQ
oecds.name: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
oecds.code: 01.06.CO
oecds.name: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS
oecds.code: 01.06.DA
oecds.name: BIOPHYSICS
speciality_codes.name: Молекулярная биология
speciality_codes.code: 03.01.03
supervisors.fio: Карпова Г. Г.
supervisors.scientific_degree: Доктор химических наук
supervisors.speciality_code: Молекулярная биология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Бунева В. Н.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Биохимия
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Сергиев П. В.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Молекулярная биология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИХБФМ СО РАН
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук
protection_organization.ogrn: 1025403659852
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИХБФМ СО РАН
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук
author_organization.ogrn: 1025403659852
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения