name: Молекулярно-генетическая и биохимическая  характеристика микробиома толстой кишки при язвенном колите
keyword_list: Язвенный колит болезни толстой кишки микробиом кишечника
abstract: В ходе работы произведена комплексная оценка генетического разнообразия микробиоты при язвенном колите, включающая изучение видовой принадлежности микроорганизмов, характеристику биохимических свойств и изучение генетических детерминант патогенности и устойчивости к антибактериальным препаратам, что способствует более глубокому пониманию молекулярных механизмов развития и особенностей течения данного заболевания. 
  Впервые проведено определение метагеномного состава пораженных поверхностей стенки толстой кишки и локусов, незадействованных в воспалительном процессе. С использованием биопсийного материала толстой кишки пациентов с язвенным колитом определен спектр микроорганизмов в здоровой и пораженной зоне, описан качественный состав микробиоты, населяющей пораженный участок, выделена группа таксономических единиц, являющихся основой микробиомного ядра. К основным представленным родам относится генетическая группа родов Escherichia/Shigella, Bacteroides, Faecialbacterium, Subdolgranulum, Parabacteroides, Roseburia, Blautia, Dorea, Hungatella, Lachnoclostridium, Streptococcus.
  Впервые подробно генотипированы изоляты E. coli, выделенные со дна язвенной поверхности у пациентов с язвенным колитом, проживающих на территории Самарской области. Определено, что преимущественно E. coli относятся к филогенетической группе А1, однако в 25% и 20% случаев встречаются, штаммы, относящиеся к D и B подгруппе, имеющие способность к образованию диффузно-прикрепляемых колоний к стенке кишечника и внекишечную тропность соответственно. Молекулярно-генетическими методами выявлены штаммы, имеющие предпосылки к продукции бета-лактамаз расширенного спектра классов CTX-M1, CTX-M9, а также SHV, OXA, TEM, что подтверждает генетическую вариативность E. coli, изолированную от пациентов с заболеванием из группы воспалительных заболеваний кишечника. В результате изучения фенотипических характеристик штаммов E. coli установлено также, что современные комбинированные препараты бактериофагов, представленные на российском фармацевтическом рынке, в эксперименте in vitro показывают малую активность и могут являться неэффективными в качестве средства, элиминирующего штаммы E. coli у пациентов с язвенным колитом. При тестировании изолятов E. coli на наличие генов вирулентности выделен новый штамм энтероаггрегативной E. coli (EaggEC), который подвергнут депонированию в музее ФБУН НИИ микробиологии и эпидемиологии имени Пастера, а также коллекции штаммов в Государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск», свидетельство о депонировании № 193 от 25.11.2019 (регистрационный номер штамма – В-8857). Изучение генов E. coli, кодирующих белковые структуры патогенности бактериальной клетки, в пристеночной зоне толстой кишки дополняет сведения, характеризующие исходные точки возможных звеньев патогенеза язвенного колита. В целом полученные сведения существенно дополняют базу данных об особенностях метаболизма E. coli, лежащих в основе процессов жизнедеятельности микроорганизмов данного вида, обеспечивающих их функционирование, определяющих специфику у пациентов Самарской области.
chairman_dissertation_council.name: Илья
chairman_dissertation_council.surname: Долгушин
chairman_dissertation_council.patronymic: Ильич
chairman_dissertation_council.position: Заведующий кафедрой микробиологии, вирусологии, иммунологии и клинической лабораторной диагностики
chairman_dissertation_council.degree: Доктор медицинских наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: L-6816-2014
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7003451815
chairman_dissertation_council.rinc_id: 119270
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Андрей
organization_supervisor.surname: Важенин
organization_supervisor.patronymic: Владимирович
organization_supervisor.position: Исполняющий обязанности ректора
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.27.19
rubrics.name: Рост и культивирование микроорганизмов
rubrics.code: 34.27.17
rubrics.name: Морфология и физиология микроорганизмов
oecds.code: 03.03.WV
oecds.name: SOCIAL SCIENCES, BIOMEDICAL
speciality_codes.name: Микробиология
speciality_codes.code: 03.02.03
supervisors.fio: Жестков А.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор медицинских наук
supervisors.speciality_code: Клиническая иммунология, аллергология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
supervisors.fio: Мякишева Ю.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор медицинских наук
supervisors.speciality_code: Клеточная биология, цитология, гистология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Червинец В.М.
opponents.scientific_degree: Доктор медицинских наук
opponents.speciality_code: Микробиология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Иванова Е.В.
opponents.scientific_degree: Доктор медицинских наук
opponents.speciality_code: Микробиология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ФГБОУ ВО ЮУГМУ Минздрава России
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Южно-Уральский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации
protection_organization.ogrn: 1027403890865
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство здравоохранения Российской Федерации
protection_organization.okopf: Учреждения
author_organization.short_name: ФГБОУ ВО САМГМУ МИНЗДРАВА РОССИИ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САМАРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
author_organization.ogrn: 1026301426348
author_organization.supervisor_name: АЛЕКСАНДР
author_organization.supervisor_surname: КОЛСАНОВ
author_organization.supervisor_patronymic: ВЛАДИМИРОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство здравоохранения Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения