name: Особенности организации клеточной Т-ДНК у представителей рода Nicotiana L.
keyword_list: Горизонтальный перенос генов полногеномное секвенирование генетика растений природно-трансгенные растения агробактерии сборка генома
abstract: Клеточная Т-ДНК (клТ-ДНК) является одним из примеров горизонтального переноса генов между бактериями и растениями. Цель данного исследования заключалась в изучении структурно-функциональной организации клеточной Т- ДНК у представителей рода Nicotiana. Задачи сводились к анализу структуры клТ-ДНК представителей подрода Petunioides и изучению внутривидового полиморфизма клТ-ДНК Nicotiana на примере сортов N. tabacum. В данной работе были использованы молекулярно-генетические методы такие как выделение нуклеиновых кислот, различные варианты ПЦР, секвенирование по Сенгеру, и т.д., а также биоинформатические методы,  включающие построение различных типов выравниваний и сборку геномов. В результате выполнения данной работы впервые получены полногеномные данные для видов N. glauca и N. noctiflora; в собранных геномах найдены и проанализированы последовательности клТ-ДНК. Показано присутствие двух различных по составу клТ-ДНК в геноме N. noctiflora, что говорит о множественных актах трансформации данного вида агробактериями. Результаты сравнительного анализа клТ-ДНК и фланкирующих участков ДНК видов N. glauca и N. noctiflora свидетельствуют об их независимой трансформации. Измерены относительные уровни экспрессии генов, входящих в состав клТ-ДНК N. noctiflora, полученный паттерн согласуется с данными, ранее описанными в литературе для клТ-ДНК N. glauca. Выявлен низкий уровень полиморфизма внутри вида N. tabacum путем сравнения последовательностей клТ-ДНК ТА и ТВ, а также гена PMT2. Впервые изучены клТ-ДНК 8 сортов N. tabacum отечественной селекции; в двух сортах обнаружены крупные структурные перестройки, что позволяет разделить  сорта на две группы. На основе обнаруженной перестройки разработан молекулярный маркер, который может быть использован в селекции N. tabacum и для изучения филогении данного вида.
chairman_dissertation_council.name: Игорь
chairman_dissertation_council.surname: Лоскутов
chairman_dissertation_council.patronymic: Градиславович
chairman_dissertation_council.position: гл.н.с., и.о. зав отделом генетических ресурсов овса, ржи, ячменя
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Старший научный сотрудник
chairman_dissertation_council.wos_research_id: D-5238-2013
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 8619012
chairman_dissertation_council.rinc_id: 130149
chairman_dissertation_council.url: https://www.vir.nw.ru/vir/podrazdeleniya-instituta/otdely/otdel-geneticheskih-resursov-ovsa-rzhi-yachmenya/
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-9250-7225
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Елена
organization_supervisor.surname: Хлесткина
organization_supervisor.patronymic: Константиновна
organization_supervisor.position: Директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.23.57
rubrics.name: Генетика и селекция растений
oecds.code: 01.06.KM
oecds.name: GENETICS & HEREDITY
oecds.code: 01.06.DE
oecds.name: PLANT SCIENCES
speciality_codes.name: Генетика
speciality_codes.code: 03.02.07
supervisors.fio: Матвеева Т.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Генетика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Проворов Н.А.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Генетика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Баранова О.А.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Защита растений
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ВИР
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение  «Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И.Вавилова"
protection_organization.ogrn: 1027810308206
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
author_organization.ogrn: 1037800006089
author_organization.supervisor_name: НИКОЛАЙ
author_organization.supervisor_surname: КРОПАЧЕВ
author_organization.supervisor_patronymic: МИХАЙЛОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения