name: SSCP-анализ генов вирулентности возбудителя фитофтороза Phytophthora infestans
keyword_list: SSCP-анализ, ДНК-полиморфизм, Avr-гены, картофель, фитофтороз
abstract: Цель: создать на основе Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP)-анализа простой и надежный биотехнологический метод различения линий P. infestans, основанный на полиморфизме Avr-генов. Задачи: оптимизировать условия ПЦР для амплификации Avr- генов P. infestans; валидировать метод SSCP-анализа для того, чтобы превратить его в общедоступный и хорошо воспроизводимый метод быстрого различения изолятов P. infestans на основе полиморфизма Avr-генов; клонировать Avr-гены для определения их последовательности и сравнения с ранее охарактеризованными последовательностями тех же генов; исследовать изоляты P. infestans, собранные на европейской территории России, и провести биоинформатический анализ полученных данных; сравнить состав Avr-генов у штаммов P. infestans с профилями генов устойчивости у колонизированных этими штаммами растений картофеля. Для различения линий P. infestans, основанного на полиморфизме генов вирулентности (Avr-генов), валидирована технология SSCP-анализа, которая эффективно выявляет редкие варианты Avr-генов, что особенно важно для обнаружения в агроценозах новых патотипов P. infestans. SSCP-паттерны являются хорошо воспроизводимыми маркерами аллельного полиморфизма Avr-генов, которые пригодны для массового скрининга и различения штаммов P. infestans. Среди Avr-генов P. infestans, относящихся к семейству RXLR-эффекторов, в изученной коллекции полиморфными оказались Avr1, Avr2, Avr2-like, Avr3a, Avr3b, AvrSmira1, Avr-blb1, Avr-blb2 и Avr-vnt1, а гены Avr4 и Avr8 являются более консервативными. Для всех этих генов, за исключением Avr4 и Avr8, выявлены новые аллели, характерные для европейской части России. В линиях P. infestans, которые колонизируют устойчивые к фитофторозу межвидовые гибриды картофеля из генетической коллекции ВИР, преобладают вирулентные варианты Avr-генов, в то время как неустойчивые сорта заселяются линией, в которой преобладают авирулентные варианты этих генов. Высокоагрессивные линии 6_A1 и 13_A2, по данным SSCP-анализа, отличаются наименьшим числом Avr-генов, однако в их геноме присутствуют гены вирулентности Avr-blb1, Avr-blb2 и Avr-vnt1, которые позволяют преодолевать устойчивость большинства сортов картофеля.
chairman_dissertation_council.surname: Харченко П.Н
chairman_dissertation_council.position: Научный руководитель
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
organization_supervisor.surname: Карлов Г. И.
organization_supervisor.position: Директор
organization_supervisor.degree: Доктор биологических наук
rubrics.code: 68.35.49
rubrics.name: Картофель и другие клубнеплоды
rubrics.code: 68.37.07
rubrics.name: Иммунитет растений к вредителям, болезням и растениям-паразитам
rubrics.code: 34.15.23
rubrics.name: Молекулярная генетика
oecds.code: 01.06.00
oecds.name: Biological sciences
oecds.code: 02.08.DB
oecds.name: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY
oecds.code: 01.06.DE
oecds.name: PLANT SCIENCES
speciality_codes.name: Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)
speciality_codes.code: 03.01.06
supervisors.fio: Мартынов В.В
supervisors.scientific_degree: Кандидат биологических наук
supervisors.speciality_code: Молекулярная биология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Игнатов А.Н.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Защита растений
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Деревягина М.К.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Микология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ФГБНУ ВНИИСБ
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной   биотехнологии»
protection_organization.ogrn: 1037739342123
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ФГБНУ ВНИИСБ
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной   биотехнологии»
author_organization.ogrn: 1037739342123
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения