name: Высокопроизводительное секвенирование в молекулярной онкологии: поиск мишеней и стратификация пациентов для персонализации противоопухолевой терапии
keyword_list: биомаркер прецизионная онкология транскриптомика персональная медицина секвенирование онкогеномика
abstract: Диссертационная работа посвящена биоинформатическому анализу результатов массового параллельного секвенирования применительно к молекулярной онкологии. Последовательно описаны подходы к решению трёх важных научно-практических задач. Во-первых, Пятницким М.А. был разработан и апробирован новый метод использования больших массивов данных о соматических и герминативных мутациях с целью определения уязвимых точек протеома опухоли, потенциальных мишеней для создания противораковых препаратов. С помощью указанного метода получен список из 91 белка, потенциально важных для функционирования клеток меланомы. Показано, что список обогащен белками, ассоциированными с клеточной периферией и плазматической мембраной Предложено биологическое обоснование наблюдаемого феномена как результат отрицательного отбора против образования неоантигенных эпитопов. Далее, Пятницким М.А. создан новый алгоритм кластеризации транскриптомных профилей, основанный на выявлении активированных генов-регуляторов экспрессии, что позволяет успешно решать клинически важную задачу стратификации пациентов. Показана более высокая точность работы метода по сравнению с аналогичными алгоритмами. Путём всестороннего системно-биологического анализа больших выборок экспрессионных данных выявлены молекулярные механизмы, обуславливающие резистентность колоректального рака к терапии цетуксимабом и ассоциированные с активацией эпителиально-мезенхимального перехода. В рамках настоящей работы Пятницким М.А. разработан программный конвейер, предназначенный для общебиологической и онкоспецифической аннотации генетических вариантов и их дальнейшей приоритизации. Практическая применимость разработанной системы в плане оптимизации противоопухолевой терапии проиллюстрирована на примере анализа результатов полноэкзомного секвенирования образцов колоректального рака и гепатоцеллюлярной карциномы: был идентифицирован ряд онко-ассоциированых и клинически значимых мутаций, что может быть использовано для оптимизации стратегии лечения. Наконец, под руководством Пятницкого М.А. разработана интернет-платформа для обработки и интерпретации молекулярного профиля онкологического пациента. Система позволяет автоматически составлять список потенциально эффективных лекарственных препаратов, основываясь на выявленных мутациях опухолевых клеток, результатах иммуногистохимического анализа, флуоресцентной гибридизации in situ, данных о микросателлитной нестабильности терапии на основе загруженных данных о молекулярном портрете опухоли. C помощью разработанной интернет-платформы были проанализированы более пятидесяти образцов различных солидных опухолей. Использование подобных программных продуктов позволяет успешно внедрять принципы персонализированной медицины и прецизионной онкологии в клиническую практику.
chairman_dissertation_council.name: Александр
chairman_dissertation_council.surname: Арчаков
chairman_dissertation_council.patronymic: Иванович
chairman_dissertation_council.position: Научный руководитель Института, гл. научн. сотр.
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: В-5194-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 36049531500
chairman_dissertation_council.rinc_id: 78435
chairman_dissertation_council.orcid: -
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Елена
organization_supervisor.surname: Пономаренко
organization_supervisor.patronymic: Александровна
organization_supervisor.position: Директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
rubrics.code: 34.15.23
rubrics.name: Молекулярная генетика
rubrics.code: 34.15.51
rubrics.name: Молекулярная онкология
oecds.code: 03.02.DM
oecds.name: ONCOLOGY
oecds.code: 01.06.KM
oecds.name: GENETICS & HEREDITY
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 03.01.09
supervisors.fio: Лисица А.В.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
supervisors.fio: Мошковский С.А.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Биохимия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Аульченко Ю.С.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Генетика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Орлов Ю.С.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Стрельников В.В.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Генетика
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИБМХ
protection_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
protection_organization.ogrn: 1027739053792
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИБМХ
author_organization.name: Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"
author_organization.ogrn: 1027739053792
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения