name: Метод графового анализа транскриптомных данных для обнаружения метаболической регуляции иммунных клеток
keyword_list: графы, корреляция, подграф максимального веса, активный модуль, транскриптомные данные, метаболические сети
abstract: Целью диссертационной работы является разработка и исследование метода графового
  анализа транскриптомных данных для автоматизации обнаружения метаболической
  регуляции иммунных клеток по данным со сложным экспериментальным дизайном. Для
  достижения данной цели были поставлены и решены следующие задачи:
  1. Разработка алгоритма совместной кластеризации в графовом и корреляционном
  пространствах.
  2. Разработка метода для идентификации регулируемых метаболических модулей по
  транскриптомным данным и метаболическому графу.
  3. Разработка и апробация методики анализа результатов предложенного метода на
  примере его применения к реальным транскриптомным данным.
  Результаты диссертационного исследования:
  1. Для решения задачи поиска активных модулей разработан алгоритм совместной
  кластеризации в графовом и корреляционном пространствах.
  2. На основе разработанного алгоритма кластеризации разработан метод GAMкластеризации, который позволяет автоматически идентифицировать активные
  метаболические модули в метаболических графах по наборам транскриптомных данных со
  сложным экспериментальным дизайном. Метод принимает на вход матрицу экспрессии генов
  и метаболический граф, а на выходе выдает набор связных подграфов, состоящих из
  совместно регулируемых реакций.
  3. Разработана и апробирована методика анализа результатов метода GAM-кластеризации
  в применении к реальным транскриптомным данным международного консорциума The
  Immunological Genome Project (ImmGen).
chairman_dissertation_council.name: Юрий
chairman_dissertation_council.surname: Матвеев
chairman_dissertation_council.patronymic: Николаевич
chairman_dissertation_council.position: профессор (квалификационная категория "профессор-эксперт"), факультет информационных технологий и программирования
chairman_dissertation_council.degree: Доктор технических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: d-4188-2014
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7006613471
chairman_dissertation_council.rinc_id: 379753
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Владимир
organization_supervisor.surname: Васильев
organization_supervisor.patronymic: Николаевич
organization_supervisor.position: ректор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 83.77.01
rubrics.name: Общие вопросы
rubrics.code: 34.05.25
rubrics.name: Методы и аппаратура для регистрации, обработки и хранения биологических данных
rubrics.code: 27.41.41
rubrics.name: Алгоритмы решения задач вычислительной и дискретной математики
rubrics.code: 20.53.19
rubrics.name: Средства обработки и поиска информации
oecds.code: 01.02.EX
oecds.name: COMPUTER SCIENCE, THEORY & METHODS
speciality_codes.name: Теоретические основы информатики
speciality_codes.code: 05.13.17
supervisors.fio: Сергушичев А.А.
supervisors.scientific_degree: Кандидат технических наук
supervisors.speciality_code: Теоретические основы информатики
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Жуковский М.Е.
opponents.scientific_degree: Доктор физико-математических наук
opponents.speciality_code: Теоретические основы информатики
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Зеликовский Александр Зиновьевич
opponents.scientific_degree: Кандидат физико-математических наук
opponents.speciality_code: Теоретические основы информатики
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: УНИВЕРСИТЕТ ИТМО; НИУ ИТМО; ИТМО
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИТМО"
protection_organization.ogrn: 1027806868154
protection_organization.supervisor_name: ВЛАДИМИР
protection_organization.supervisor_surname: ВАСИЛЬЕВ
protection_organization.supervisor_patronymic: НИКОЛАЕВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения
author_organization.short_name: УНИВЕРСИТЕТ ИТМО; НИУ ИТМО; ИТМО
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИТМО"
author_organization.ogrn: 1027806868154
author_organization.supervisor_name: ВЛАДИМИР
author_organization.supervisor_surname: ВАСИЛЬЕВ
author_organization.supervisor_patronymic: НИКОЛАЕВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные автономные учреждения