name: Биоинформатический анализ РНК-хроматиновых взаимодействий
keyword_list: хроматин биоинформатика РНК-ДНК взаимодействия некодирующие РНК высокопроизводительное секвенирование
abstract: В работе представлен анализ данных из оригинальной работы по изучению РНК-ДНК интерактома с помощью метода Red-C, опубликованный впервые. Данные подобного типа появились в 2017 году, представлены всего лишь в нескольких публикациях и предоставляют возможность изучать РНК, ассоциированные с хроматином, не имея никаких априорных знаний об этих РНК. Предложенный алгоритм анализа разработан специально для протокола Red-C, однако может быть с легкостью применен и к результатам, полученным с помощью других схожих протоколов. Для аннотации РНК-частей генами была разработана процедура голосования, учитывающая случаи неоднозначной аннотации.  На основании дополнительной информации об уровне экспрессии разработана и рассчитана метрика хроматинового потенциала. Предложен подход к изучению характера взаимодействия РНК с хроматином. Несмотря на то, что авторы аналогичных работ отмечали, что наблюдают фрагменты РНК, которые детектированы как контактирующие с ДНК, но не попадали в генную разметку, анализ таких РНК-частей произведен не был. В данной работе таким неаннотированным РНК-частям уделено особое внимание, в результате чего удалось собрать гипотетически новые хроматин-ассоциированные РНК.
chairman_dissertation_council.name: Витаутас-Юозапас
chairman_dissertation_council.surname: Швядас
chairman_dissertation_council.patronymic: Каятоно
chairman_dissertation_council.position: профессор
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: J-6594-2012
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7004619816
chairman_dissertation_council.rinc_id: 82145
chairman_dissertation_council.url: https://istina.msu.ru/profile/Svedas
chairman_dissertation_council.orcid: 0000-0002-1664-0307
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Владимир
organization_supervisor.surname: Скулачев
organization_supervisor.patronymic: Петрович
organization_supervisor.position: директор НИИ ФХБ МГУ
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 03.01.09
supervisors.fio: Миронов А.А.
supervisors.scientific_degree: Доктор биологических наук
supervisors.speciality_code: Молекулярная биология
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Орлов Ю.Л.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Кулаковский И.В.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Медведева Ю.А.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Молекулярная биология
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МГУ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МОСКОВСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ МГУ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА"
protection_organization.ogrn: 1037700258694
protection_organization.supervisor_name: ВИКТОР
protection_organization.supervisor_surname: САДОВНИЧИЙ
protection_organization.supervisor_patronymic: АНТОНОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МГУ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МОСКОВСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ МГУ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА"
author_organization.ogrn: 1037700258694
author_organization.supervisor_name: ВИКТОР
author_organization.supervisor_surname: САДОВНИЧИЙ
author_organization.supervisor_patronymic: АНТОНОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения