name: Машинное обучение в виртуальном скрининге на основе структуры биологической мишени: поиск новых ингибиторов танкиразы
keyword_list: виртуальный скрининг ингибиторы танкиразы машинное обучение молекулярное моделирование
abstract: Работа посвящена созданию новых и модификации существующих методов виртуального скрининга, использующих машинное обучение и представляющих интерес для поиска биологически активных веществ. Изучено применение методов машинного обучения к задаче повышения скринингового потенциала оценочной функции докинга в отношении танкиразы. Кроме того, используя для описания траекторий молекулярной динамики многомерных временных рядов, были обучены регрессионные модели машинного обучения, связывающие динамику лиганд-белкового комплекса и активность. Проведен виртуальный скрининг 1,7 миллиона органических соединений с использованием разработанных мишень-специфических оценочных функций. Последующее биологическое тестирование отобранных 36 соединений выявило 11 новых ингибиторов, IC50 для которых лежит в интервале от 10 мкМ до 10 нМ. Ретроспективный анализ результатов виртуального скрининга ингибиторов танкиразы показал ограниченную применимость оценочных функций общего назначения и разработанных классификационных мишень-ориентированных моделей для ранжирования сходных ингибиторов по значению активности. Продемонстрирована применимость метода возмущений свободной энергии (FEP) для предсказания различий в энергии связывания структурно близких соединений.
chairman_dissertation_council.name: Эдуард
chairman_dissertation_council.surname: Караханов
chairman_dissertation_council.patronymic: Аветисович
chairman_dissertation_council.position: заведующий кафедрой химии нефти и органического катализа химического факультета МГУ
chairman_dissertation_council.degree: Доктор химических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: P-1660-2015
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 3554905880
chairman_dissertation_council.rinc_id: 44233
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Степан
organization_supervisor.surname: Калмыков
organization_supervisor.patronymic: Николаевич
organization_supervisor.position: Декан химического факультета
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 31.01.77
rubrics.name: Математические и кибернетические методы
rubrics.code: 31.21.27
rubrics.name: Гетероциклические соединения
oecds.code: 03.01.DX
oecds.name: CHEMISTRY, MEDICINAL
oecds.code: 01.02.EV
oecds.name: COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
speciality_codes.name: Медицинская химия
speciality_codes.code: 02.00.16
supervisors.fio: Радченко Е.В.
supervisors.scientific_degree: Кандидат химических наук
supervisors.speciality_code: Органическая химия
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Поройков В. В.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Фармакология, клиническая фармакология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Хренова М. Г.
opponents.scientific_degree: Доктор физико-математических наук
opponents.speciality_code: Математическая и квантовая химия
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Офицеров Е. Н.
opponents.scientific_degree: Доктор химических наук
opponents.speciality_code: Химия элементоорганических соединений
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МГУ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА, МОСКОВСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ МГУ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА"
protection_organization.ogrn: 1037700258694
protection_organization.supervisor_name: ВИКТОР
protection_organization.supervisor_surname: САДОВНИЧИЙ
protection_organization.supervisor_patronymic: АНТОНОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: Химический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова
author_organization.name: Государственное учебно-научное учреждение Химический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
author_organization.ogrn: 1027700206214
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения