name: Разработка алгоритмов для специальных задач сборки геномов
keyword_list: Биоинформатика геномика секвенирование сборка генома гибридная сборка сборка плазмид метагеномика
abstract: Актуальность темы исследования. Большое количество биологических исследовательских задач требует знания геномной последовательности изучаемого организма. Появление в 2010-х так называемых секвенаторов третьего поколения поз­воляет получать длинные геномные последовательности (десятки тысяч нуклео­тидов). Одним из частых подходов к использованию данных секвенирования третьего поколения является совместная сборка их и данных секвенирования второго поколения — гибридная сборка. Этой задаче посвящена часть данной работы. Часто исследователям интересен не весь геном изучаемого организма, а какая-то его часть, например плазмиды в бактериальных геномах Их сборке посвящена остальная работа. 
  Научная новизна. В представленной диссертации представлены новые методы для специальных задач сборки геномов - гибридной сборки и сборки плазмид в геномных и метагеномных данных. Данные методы были реализованы в качестве программных продуктов, было показано что их результаты превосходят существующие альтернативы
chairman_dissertation_council.name: Ольга
chairman_dissertation_council.surname: Подгорная
chairman_dissertation_council.patronymic: Игоревна
chairman_dissertation_council.position: Проф. Кафедры цитологии и гистологии
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Профессор
chairman_dissertation_council.wos_research_id: E-4325-2013
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 7003705684
chairman_dissertation_council.rinc_id: 78695
chairman_dissertation_council.url: https://bio.spbu.ru/faculty/departments/cytology/staff.php
chairman_dissertation_council.orcid: -
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Александр
organization_supervisor.surname: Гнетов
organization_supervisor.patronymic: Валентинович
organization_supervisor.position: Ученый секретарь СПбГУ
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 03.01.09
supervisors.fio: Певзнер П.А.
supervisors.scientific_degree: Кандидат физико-математических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
supervisors.fio: Лапидус А.Л.
supervisors.scientific_degree: Кандидат биологических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
protection_organization.short_name: САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ СПБГУ
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
protection_organization.ogrn: 1037800006089
protection_organization.supervisor_name: НИКОЛАЙ
protection_organization.supervisor_surname: КРОПАЧЕВ
protection_organization.supervisor_patronymic: МИХАЙЛОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИЛИ СПБГУ
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
author_organization.ogrn: 1037800006089
author_organization.supervisor_name: НИКОЛАЙ
author_organization.supervisor_surname: КРОПАЧЕВ
author_organization.supervisor_patronymic: МИХАЙЛОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Правительство Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения