name: Выявление взаимосвязи между величинами изменения экспрессии и функциями дифференциально экспрессирующихся генов на основе компьютерного анализа транскриптомов арабидопсиса и человека
keyword_list: Генная Онтология RNA-seq гены Анализ функционального обогащения
abstract: В рамках диссертационной работы был разработан новый метод анализа функционального обогащения FSEA (анализ фолд-специфичного обогащения, Fold-change Specific Enrichment Analysis). Метод FSEA позволяет выявлять статистически значимую взаимосвязь между функциональной характеристикой дифференциально-экспрессирующихся генов (ДЭГ), представленной в виде категорий Генной Онтологии, и степенью изменения их экспрессии в ответ на условия эксперимента. Тестирование FSEA на данных множества различных транскриптомных экспериментов показало существование множества ГО категорий, для которых характерна скоординированная экспрессия вовлеченных ДЭГ. Разработанный в данной работе метод FSEA дает исследователю дополнительную, ранее недоступную, информацию о силе транскрипционного ответа группы скоординированно-экспрессирующихся генов. Апробация метода FSEA на транскриптомах корня Arabidopsis thaliana показала что, например, ГО категория “ответ на ауксин”, которая изучалась исследователями по всему миру как единственно важная, является лишь частным случаем транскрипционного ответа с сильной степенью изменения экспрессии ДЭГ. Применение метода FSEA к транскриптому клеточной линии рака предстательной железы человека LNCaP, выявило множество процессов связанных с канцерогенезом, которые не были обнаружены при помощи существующих методов.
chairman_dissertation_council.name: Владимир
chairman_dissertation_council.surname: Шумный
chairman_dissertation_council.patronymic: Константинович
chairman_dissertation_council.position: Председатель
chairman_dissertation_council.degree: Доктор биологических наук
chairman_dissertation_council.rank: Академик
chairman_dissertation_council.wos_research_id: -
chairman_dissertation_council.scopus_author_id: 6603898963
chairman_dissertation_council.rinc_id: 8554
chairman_dissertation_council.territory: РОССИЯ
organization_supervisor.name: Алексей
organization_supervisor.surname: Кочетов
organization_supervisor.patronymic: Владимирович
organization_supervisor.position: директор
organization_supervisor.territory: РОССИЯ
rubrics.code: 34.15.23
rubrics.name: Молекулярная генетика
rubrics.code: 34.23.03
rubrics.name: Теоретическая генетика
rubrics.code: 34.03.23
rubrics.name: Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
oecds.code: 01.06.DE
oecds.name: PLANT SCIENCES
oecds.code: 01.06.CU
oecds.name: BIOLOGY
oecds.code: 01.06.MC
oecds.name: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY
speciality_codes.name: Математическая биология, биоинформатика
speciality_codes.code: 03.01.09
supervisors.fio: Миронова В.В.
supervisors.scientific_degree: Кандидат биологических наук
supervisors.speciality_code: Математическая биология, биоинформатика
supervisors.responsible_type: Научный руководитель
opponents.fio: Ратушняк А.С.
opponents.scientific_degree: Доктор биологических наук
opponents.speciality_code: Физиология
opponents.responsible_type: Оппонент
opponents.fio: Пенин А.А.
opponents.scientific_degree: Кандидат биологических наук
opponents.speciality_code: Генетика
opponents.responsible_type: Оппонент
protection_organization.short_name: ИЦИГ СО РАН
protection_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
protection_organization.ogrn: 1025403657410
protection_organization.supervisor_name: АЛЕКСЕЙ
protection_organization.supervisor_surname: КОЧЕТОВ
protection_organization.supervisor_patronymic: ВЛАДИМИРОВИЧ
protection_organization.organization_type: Организация
protection_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
protection_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения
author_organization.short_name: ИЦИГ СО РАН
author_organization.name: ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ  РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
author_organization.ogrn: 1025403657410
author_organization.supervisor_name: АЛЕКСЕЙ
author_organization.supervisor_surname: КОЧЕТОВ
author_organization.supervisor_patronymic: ВЛАДИМИРОВИЧ
author_organization.organization_type: Организация
author_organization.okogu: Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
author_organization.okopf: Федеральные государственные бюджетные учреждения